受到国际国内宏观经济形势影响，2012年经济运行面临多重挑战，机械工业产销增长明显回落,我所全体干部职工共同努力，积极应对市场变化，围绕国家产业政策调整业务对策，克服了种种困难，使各项工作进展顺利，完成了全年计划指标，同时在市场拓展、技术创新、人才队伍、质量工作等方面均有不同程度的完善和提高。

北京机械工业自动化研究所前身为第一机械工业部电器工业研究所、电机工业部电器科学研究院、第一机械工业部电器科学研究院。

1953年9月 一机部发文同意成立北京电器工业试验所。主要目的是“巩固和改进现有产品以及不断增加新产品来为电力工业、冶金、燃料工业以及交通运输业和机械工业服务”。

1954年12月 一机部批复将“北京电器工业试验所”改为“第一机械工业部电器工业管理局北京电器工业研究所”。研究所领导沈阳、上海两个分所和筹建中的中捷亚热带电器试验站并开始在湖南湘潭建站。

1956年4月  一机部命令将“北京电器工业研究所”改为“第一机械工业部电器科学研究院”，简称“电器院”，由机械部直接领导。

1956年5月  国务院决定成立电机工业部，电器院划归电机部直接领导，定名为“电机工业部电器科学研究院”，当时有职工521人。

1957年12月  随着电机部并入第一机械工业部，电器院又划归一机部领导。

1963－1970年 电器院的部分科室迁往天津、西安、桂林等地。

1966年1月  一机部决定由电器院统一领导电工行业和科学研究管理工作。

1971年12月 机械院、电器院、农机院三院正式合并，定名为“机械研究院”。

1976年3月  一机部批准建立机械工业自动化研究所，主要从事机械工业生产过程自动化，生产管理中有关自动化问题的研究，同时负责归口机械工业自动化行业技术工作。

1982年11月 根据全国人大五届二十三次会议“关于将一机部、农机部、国家仪器仪表工业总局、国家机械设备成套总局合并，设立机械工业部的决议”,原属一机部、农机部、国家仪器仪表总局的科学技术研究所全部归机械工业部领导，北自所更名为“机械工业部北京机械工业自动化研究所”。

1987年－1988年 因国家机构改革，北自所先后更名为“国家机械工业委员会北京机械工业自动化研究所”、“机械电子工业部北京机械工业自动化研究所”。

1993年5月 又更名为“机械工业部北京机械工业自动化研究所”。

1998年 机械工业部撤消后，北自所更名为“北京机械工业自动化研究所”,划归国家机械工业局管理。

1999年5月 科学技术部、国家经济贸易委员会印发《国家经贸委管理的10个国家局所属242个科研机构转制方案》，北自所转制为中央直属大型科技企业，隶属于机械科学研究院。

2004年12月 机械院整合京区资源，组建“机科发展科技股份有限公司”,北自所进入“机科发展”统一管理运行。

2010年3月 机械院重新调整资源，北自所成立改革发展领导小组，恢复独立运营。

2011年-至今 北自所新一届领导班子组建，所独立运营。

2017年 根据《国务院办公厅关于印发中央企业公司制改制工作实施方案的通知》（国办发﹝2017﹞69号）、国资委改革局《关于中央企业公司改制工作有关事项的通知》（国资厅改革﹝2017﹞544号）文件的要求，原“北京机械工业自动化研究所”自2017年11月变更登记为“北京机械工业自动化研究所有限公司”。